饮料无菌包装产品杀菌计算和控制是无菌包装能否取得成功的关键技术之一。无菌包装产品杀菌计算依赖于杀菌温度和杀菌时间。如果无菌处理系统采用的是间接式热交换器，除了产品在高温下的保持管中取得杀菌值之外，加热和冷却过程中也产生一定的杀菌值。这两部分的杀菌值加起来是整个杀菌过程的杀菌值。
液体饮料代加工无菌包装的关键技术在于包装材料或包装容器的杀菌，无菌性的获得和保持。为了达到上述两个目的，对无菌包装系统关键控制点的监控和记录是很重要的。与传统的生产方式相比，无菌系统的自动记录和监测任务要重得多，这是因为无菌包装固有技术的复杂性和诸多关键因子的关联性决定的。
严格的检验措施也是确保无菌冷灌装工艺顺利实施的重要保证。无菌灌装间的操作要求极为严格，必须按照操作规程进行。在灌装过程中，化验人员必须使果汁无菌包装件实行在线检验。灌装机刚调整后，在贴管之前,自立袋，每10min抽检两盒，检查成型、封合粘贴质量及灌装容量；在运行正常后，每30min抽检两盒，检查内容相同。
